NeRD: a multichannel neural network to predict cellular response of drugs by integrating multidimensional data

Table 3 Drug blind test

Method	\(CC_{p}\uparrow\)	\(R^{2}\uparrow\)	\(RMSE\downarrow\)	\(CC_{s}\uparrow\)
LR	0.201±0.0244	−0.029±0.0863	0.180±0.0132	0.196±0.0351
SVR-L	0.109±0.0435	−0.208±0.2698	0.192±0.0237	0.111±0.0444
SVR	0.315±0.1793	−0.274±0.3725	0.206±0.0076	0.254±0.1311
RF	0.112±0.2737	−0.461±0.1934	0.236±0.0515	0.137±0.2424
MLP	0.261±0.0435	−0.074±0.0924	0.184±0.0135	0.202±0.0701
CNN	0.223±0.0527	0.018±0.0468	0.176±0.0113	0.169±0.0689
SRMF	0.093±0.0553	−0.006±0.0316	0.311±0.0620	0.098±0.0437
VAE+MLP	0.283±0.0242	−0.190±0.0854	0.190±0.0087	0.238±0.0347
DeepCDR	0.318±0.1403	0.010±0.1699	0.174±0.0177	0.254±0.0922
CDRScan	0.297±0.0418	0.049±0.0278	0.173±0.0098	0.229±0.0583
tCNNS	0.256±0.0261	−0.029±0.1123	0.180±0.0179	0.230±0.0335
GraphDRP	0.312±0.0926	0.067±0.0799	0.172±0.0120	0.272±0.0653
NeRD	0.370\(\pm\)0.0131	0.069\(\pm\)0.0454	0.168\(\pm\)0.0076	0.291\(\pm\)0.0426

ISSN: 1741-7015